Fix pheatmap bug

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Fix pheatmap bug

原文日期: 2016-11-07
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

pheatmap 包问题修复

问题描述

pheatmap 在 R 中绘制热图时可能出现的错误：

  • 颜色显示异常

  • 聚类失败

  • 中文乱码

解决方案

1. 更新 pheatmap 包

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# 卸载旧版本
remove.packages("pheatmap")

# 重新安装
install.packages("pheatmap")

2. 检查数据格式

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# 确保是数值矩阵
data_matrix <- as.matrix(data)

# 检查是否有 NA
sum(is.na(data_matrix))

# 处理 NA
data_matrix[is.na(data_matrix)] <- 0

3. 解决中文乱码

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# 设置图形参数
par(family = "STKaiti")  # 或 "SimHei"

# 或使用 showtext 包
library(showtext)
showtext_auto()

代码示例

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library(pheatmap)

# 基本热图
pheatmap(data_matrix)

# 带聚类
pheatmap(data_matrix, 
         scale = "row",
         clustering_distance_rows = "correlation",
         clustering_distance_cols = "correlation")

# 自定义颜色
pheatmap(data_matrix,
         color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(100))

# 添加注释
pheatmap(data_matrix,
         annotation_row = row_annotation,
         annotation_col = col_annotation)

常见参数

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