bam2fq

原文日期: 2017-04-06
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

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BAM 转 FASTQ

使用 samtools

单端数据

samtools fastq input.bam > output.fastq

双端数据

# 输出两个文件
samtools fastq -1 read1.fastq -2 read2.fastq -0 /dev/null -s /dev/null -n input.bam

参数说明:

• -1: 第一个 read 的输出文件

• -2: 第二个 read 的输出文件

• -0: 只有一个 read 比对的输出（通常丢弃）

• -s: 只有一个 read 比对的输出（通常丢弃）

• -n: 保留原始 read 名

按比对状态过滤

# 仅比对上的 reads
samtools fastq -F 4 input.bam > mapped.fastq

# 仅未比对的 reads
samtools fastq -f 4 input.bam > unmapped.fastq

# 正确配对的 reads
samtools fastq -f 2 input.bam > paired.fastq

使用 bedtools

bedtools bamtofastq \
  -i input.bam \
  -fq output.fastq

使用 Picard

picard SamToFastq \
  I=input.bam \
  F=output_R1.fastq \
  F2=output_R2.fastq \
  UNPAIRED_FASTQ=unpaired.fastq

注意事项

1. 质量值格式: 确保与下游工具兼容

2. 双端配对: 保持 read1 和 read2 的顺序一致

3. 文件名: 使用有意义的命名

4. 压缩: 输出 gzip 压缩格式节省空间

samtools fastq input.bam | gzip > output.fastq.gz

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