remove unmapped reads of a BAM file

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remove unmapped reads of a BAM file

原文日期: 2017-06-23
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

移除 BAM 文件中未比对的 reads

使用 samtools

保留比对的 reads

1
samtools view -bF 4 input.bam > output.mapped.bam

保留未比对的 reads

1
samtools view -bf 4 input.bam > output.unmapped.bam

FLAG 说明

双端数据

1
2
3
4
5
# 保留正确配对的 reads
samtools view -bF 260 input.bam > output.paired.bam

# 保留至少一端比对的 reads
samtools view -bF 12 input.bam > output.at_least_one.bam

排序和索引

1
2
3
4
5
# 排序
samtools sort output.mapped.bam -o output.mapped.sorted.bam

# 索引
samtools index output.mapped.sorted.bam

统计

1
2
# 比对统计
samtools flagstat input.bam

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