Filter and Trim your Paired-end FastQ file

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Filter and Trim your Paired-end FastQ file

原文日期: 2017-08-18
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

FastQ 文件过滤和修剪

使用 Trimmomatic

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java -jar trimmomatic.jar PE \
  input_R1.fastq input_R2.fastq \
  output_R1_paired.fastq output_R1_unpaired.fastq \
  output_R2_paired.fastq output_R2_unpaired.fastq \
  ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:30:10 \
  LEADING:3 \
  TRAILING:3 \
  SLIDINGWINDOW:4:15 \
  MINLEN:36

参数说明

使用 fastp（推荐）

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fastp -i input_R1.fastq -I input_R2.fastq \
      -o output_R1.fastq -O output_R2.fastq \
      -h report.html \
      -j report.json \
      -q 20 \
      -l 50 \
      -w 4

质量评估

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# FastQC
fastqc input.fastq

# MultiQC 汇总
multiqc ./

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