PCAdmix(out-of-date;upgrade to RFmix)

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PCAdmix (out-of-date; upgrade to RFmix)

原文日期: 2018-02-11
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

PCAdmix - 局部祖先推断

⚠️ 注意

PCAdmix 已过时，建议升级到 RFmix

RFmix 优势

  • 更高的准确性

  • 更快的速度

  • 更好的文档支持

  • 持续维护更新

RFmix 安装

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# 下载
wget https://drive.google.com/file/d/xxx/view

# 运行
python rfmix.py --reference=ref.vcf --query=query.vcf

局部祖先推断流程

  1. 准备参考面板（已知祖先的样本）

  2. 准备查询样本

  3. 运行 RFmix

  4. 解析输出结果

输出解读

  • 每个 SNP 位置的祖先来源概率

  • 染色体级别的祖先片段

  • 混合时间估计

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