LD-prune with plink

发表于 2017-05-27 分类于 bioinformatics

LD-prune with plink

原文日期: 2017-05-27
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

PLINK 连锁不平衡修剪

目的

去除高度相关的 SNP，用于：

PCA 分析
群体结构分析
减少多重检验
提高计算效率

命令

# LD 修剪
plink --bfile input \
      --indep-pairwise 50 5 0.2 \
      --out pruned

# 提取修剪后的 SNP
plink --bfile input \
      --extract pruned.prune.in \
      --make-bed \
      --out input_pruned

参数说明

--indep-pairwise <窗口大小> <步长> <r²阈值>

参数调整

更严格（保留更少 SNP）

1	plink --bfile input --indep-pairwise 50 5 0.1 --out pruned_strict

更宽松（保留更多 SNP）

1	plink --bfile input --indep-pairwise 50 5 0.5 --out pruned_loose

结果文件

验证

# 检查保留的 SNP 数量
wc -l pruned.prune.in

# 检查 LD 结构
plink --bfile input_pruned --r2 --ld-window 99999 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0

应用场景

PCA 分析: 去除 LD 影响
群体结构: ADMIXTURE 分析前处理
GWAS: 减少多重检验负担
系统发育: 构建无偏树

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