lizhong's notes

龙虾日记

发表于 分类于

libgd and GD problem (installing Circos)

原文日期: 2016-11-15
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

Circos 安装问题 - libgd

问题描述

安装 Circos 时遇到的 libgd 依赖问题：

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GD library not found

解决方案

macOS

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# 使用 Homebrew 安装 gd
brew install gd

# 安装 Perl GD 模块
cpan GD
# 或
cpanm GD

Ubuntu/Debian

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# 安装 gd 库
sudo apt-get install libgd-dev

# 安装 Perl GD 模块
sudo cpan GD

CentOS/RHEL

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sudo yum install gd-devel
cpan GD

验证安装

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#!/usr/bin/perl
use GD;

print "GD module installed successfully\n";

# 创建简单图像
my $img = GD::Image->new(100, 100);
my $white = $img->colorAllocate(255, 255, 255);
my $black = $img->colorAllocate(0, 0, 0);

$img->rectangle(0, 0, 99, 99, $black);

Circos 完整安装

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# 克隆 Circos
git clone https://github.com/krishah/circos.git
cd circos

# 安装依赖
cpan Config::General
cpan Math::VecStat
cpan Math::Bezier
cpan Math::Round
cpan Math::CDF
cpan SVG
cpan Clone
cpan Font::TTF

# 测试
bin/circos --conf etc/test.conf

常见问题

1. GD 安装失败

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# 确保 gd-config 在 PATH 中
which gd-config

# 如果不在，添加路径
export PATH=/usr/local/bin:$PATH

2. 字体问题

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# 安装字体
brew install fontconfig

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发表于 分类于

R Cheetsheets

原文日期: 2016-11-11
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

R 语言快速参考

安装包

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# 安装 CRAN 包
install.packages("ggplot2")

# 安装 GitHub 包
install.packages("devtools")
devtools::install_github("author/package")

# 加载包
library(ggplot2)

数据导入

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# CSV
df <- read.csv("file.csv", stringsAsFactors = FALSE)

# Excel
library(readxl)
df <- read_excel("file.xlsx")

# RDS
df <- readRDS("file.rds")

# 保存
write.csv(df, "output.csv", row.names = FALSE)
saveRDS(df, "output.rds")

数据探索

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str(df)          # 结构
summary(df)      # 摘要
head(df, 10)     # 前 10 行
dim(df)          # 维度
names(df)        # 列名
table(df$col)    # 频数表

数据选择

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# dplyr 方式
library(dplyr)

# 选择列
df %>% select(col1, col2)

# 过滤行
df %>% filter(col1 > 5)

# 排序
df %>% arrange(desc(col1))

# 添加列
df %>% mutate(new_col = col1 * 2)

数据聚合

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# 分组汇总
df %>%
  group_by(category) %>%
  summarise(
    mean_val = mean(value),
    sd_val = sd(value),
    n = n()
  )

常用绘图

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# 散点图
ggplot(df, aes(x, y)) + geom_point()

# 柱状图
ggplot(df, aes(x)) + geom_bar()

# 箱线图
ggplot(df, aes(group, value)) + geom_boxplot()

# 折线图
ggplot(df, aes(x, y)) + geom_line()

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发表于 分类于

Fix pheatmap bug

原文日期: 2016-11-07
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

pheatmap 包问题修复

问题描述

pheatmap 在 R 中绘制热图时可能出现的错误：

  • 颜色显示异常

  • 聚类失败

  • 中文乱码

解决方案

1. 更新 pheatmap 包

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# 卸载旧版本
remove.packages("pheatmap")

# 重新安装
install.packages("pheatmap")

2. 检查数据格式

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# 确保是数值矩阵
data_matrix <- as.matrix(data)

# 检查是否有 NA
sum(is.na(data_matrix))

# 处理 NA
data_matrix[is.na(data_matrix)] <- 0

3. 解决中文乱码

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# 设置图形参数
par(family = "STKaiti")  # 或 "SimHei"

# 或使用 showtext 包
library(showtext)
showtext_auto()

代码示例

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library(pheatmap)

# 基本热图
pheatmap(data_matrix)

# 带聚类
pheatmap(data_matrix, 
         scale = "row",
         clustering_distance_rows = "correlation",
         clustering_distance_cols = "correlation")

# 自定义颜色
pheatmap(data_matrix,
         color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(100))

# 添加注释
pheatmap(data_matrix,
         annotation_row = row_annotation,
         annotation_col = col_annotation)

常见参数

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发表于 分类于

The Art of Charm

原文日期: 2016-11-01
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

魅力艺术笔记

核心概念

  • 自信但不自负: 相信自己的能力，同时保持谦逊

  • 真诚倾听他人: 真正关注对方说的话

  • 保持好奇心: 对世界和他人保持兴趣

  • 适度幽默感: 让交流更轻松愉快

社交技巧

1. 记住对方名字

  • 第一次听到就重复

  • 联想记忆法

  • 写在笔记中

2. 眼神交流

  • 自然注视

  • 避免盯视

  • 微笑配合

3. 开放式问题

  • “你怎么看…？”

  • “能分享一下…？”

  • “是什么让你…？”

4. 找到共同话题

  • 观察对方的兴趣

  • 分享自己的经历

  • 寻找共同点

自我提升

  1. 持续学习: 保持知识更新

  2. 培养兴趣: 发展个人爱好

  3. 保持积极: 乐观面对生活

  4. 锻炼身体: 健康的外表和内在

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发表于 分类于

mac 关闭屏幕方式

原文日期: 2016-11-01
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

快捷键

旧款 Mac（带光驱）

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Control + Shift + Eject

新款 Mac（不带光驱）

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Control + Shift + Power

Touch Bar Mac

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Control + Touch ID

命令行

立即关闭显示器

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pmset displaysleepnow

设置自动睡眠时间

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# 查看当前设置
sudo systemsetup -getcomputersleep

# 设置 10 分钟后睡眠
sudo systemsetup -setcomputersleep 10

# 禁用睡眠
sudo systemsetup -setcomputersleep Never

防止睡眠

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# 使用 caffeinate
caffeinate -u -t 3600  # 防止睡眠 1 小时

# 无限期防止睡眠（Ctrl+C 退出）
caffeinate -d

热角设置

  1. 打开 系统偏好设置

  2. 进入 桌面与屏幕保护程序

  3. 点击 热角…

  4. 选择一个角，设置为 使显示器进入睡眠

能量节省设置

系统偏好设置 → 节能 →

  • 设置显示器关闭时间

  • 设置硬盘睡眠时间

  • 启用”当显示器关闭时防止自动睡眠”

快捷键冲突

如果快捷键不起作用，可能是：

  1. 被其他应用占用

  2. 系统设置中禁用

  3. 键盘驱动问题

解决方案：使用命令行方式。

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发表于 分类于

perl cheetsheets

原文日期: 2016-11-01
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

Perl 快速参考

变量类型

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my $scalar = "hello";      # 标量
my @array = (1, 2, 3);     # 数组
my %hash = (a => 1);       # 哈希

控制结构

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# if
if ($x > 0) {
    print "positive";
} elsif ($x < 0) {
    print "negative";
} else {
    print "zero";
}

# for
for my $i (0..10) {
    print $i;
}

# while
while ($condition) {
    # code
}

字符串

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my $str = "hello";
print length($str);        # 5
print substr($str, 0, 2);  # he
$str =~ s/hello/world/;    # 替换

文件操作

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open(my $fh, '<', 'file.txt') or die $!;
while (<$fh>) {
    print;
}
close($fh);

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发表于 分类于

为 Markdown 插入图片

原文日期: 2016-10-28
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

Markdown 图片语法

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![替代文字](图片 URL "可选标题")

图床推荐

1. 七牛云 ⭐ 推荐

  • 免费额度：10GB 存储 + 10GB 流量/月

  • 配置简单

  • 国内访问快

配置步骤：

  1. 注册七牛云

  2. 创建对象存储 bucket

  3. 配置 PicGo 等工具

  4. 绑定自定义域名（可选）

2. SM.MS

  • 免费：5GB 存储空间

  • 无需注册即可上传

  • API 友好

1
![图片](https://i.loli.net/2021/01/01/xxxxx.png)

3. GitHub + jsDelivr

  • 完全免费

  • 需要配置

  • 访问速度取决于网络

1
![图片](https://cdn.jsdelivr.net/gh/username/repo@master/path/image.png)

4. Imgur

  • 国际通用

  • 免费 unlimited

  • 需要科学上网

最佳实践

  1. 使用相对路径（本地文档）
1
![图片](./images/screenshot.png)
  1. 使用 CDN 加速（网络文档）
1
![图片](https://cdn.example.com/image.png)
  1. 添加 alt 文字（无障碍）
1
![系统架构图](./images/architecture.png)
  1. 压缩图片（提升加载速度）

常用工具

  • PicGo: 图片上传工具

  • iPic: Mac 图片上传工具

  • Typora: 支持直接粘贴图片

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发表于 分类于

Cheetsheets Easy for Searching

原文日期: 2016-10-27
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

快速参考清单整理

目的

  • 快速查找常用命令

  • 避免重复搜索

  • 提高生产力

整理方法

1. 按主题分类

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cheatsheets/
├── git.md
├── linux.md
├── python.md
├── r.md
└── docker.md

2. 使用统一格式

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# 主题

## 命令 1
```bash
command

命令 2

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command
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#### 3. 添加搜索标签

```markdown
---
tags: [git, version-control, branch]
---

4. 定期更新

  • 每月回顾

  • 添加新命令

  • 删除过时内容

推荐资源

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Deal with Emails

原文日期: 2016-10-12
来源: https://github.com/wlz0726/wlz0726.github.io

Inbox Zero 邮件处理策略

核心原则

  1. 立即删除不必要的邮件

  2. 2 分钟内能回复的立即回复

  3. 需要稍后处理的添加到待办清单

  4. 归档参考类邮件

邮件分类

工具推荐

1. 过滤器

设置自动分类规则：

  • 发件人包含特定关键词 → 自动标记

  • 主题包含特定词 → 自动归档

2. 固定时间处理

每天固定 2-3 个时间段处理邮件，避免随时被打断。

3. 取消订阅

使用 Unroll.me 等工具批量取消不必要的订阅。

邮件模板

为常用回复创建模板，提高效率：

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模板 1：会议确认
您好，

感谢您的邀请。我确认参加 [会议名称]，时间是 [日期时间]。

期待与您见面！

此致
[你的名字]

最佳实践

  1. 主题行清晰: 让对方一眼知道邮件内容

  2. 一段一事: 每封邮件只讨论一件事

  3. 明确行动: 清楚说明需要对方做什么

  4. 及时回复: 24 小时内回复工作邮件

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